文章梗概
近日，1331.c.om.银河游戏用户 OncoAtlas LLC、俄罗斯科学院科尔佐夫发育生物学研究所以及莫斯科国立谢东诺夫第一医科大学等机构在 Scientific Reports 上发表了题为“ Evaluation of blood MSI burden dynamics to trace immune checkpoint inhibitor therapy efficacy through the course of treatment ”的科研成果。该研究 基于GenoLab M平台对连续液体活检样本进行panel测序 ， 监测血液中微卫星不稳定性的动态变化，以追踪免疫检查点抑制剂治疗在全疗程的治疗效果。
背景介绍
结直肠癌（CRC）仍然是全球癌症 死亡谱 中的主要癌种。使用免疫检查点抑制剂 (ICI) 的免疫疗法(IT) 对CRC 治疗已成为一种有前途的治疗手段 。 然而， ICI 仅在微卫星不稳定性（ MSI ）或错配修复缺陷（ dMMR ）阳性的 CRC 中显示出疗效。在 IV 期 CRC 中， MSI 的频率相对较低，仅为 4% ，而 在 I-III 期 中可达 10-20% ，这使得 IT 成为早期 肿瘤 治疗 的首选策略。评估 MSI 和 dMMR 的标准方法是 PCR 和免疫组化（ IHC ）， 但是 在临床 实践 中， 这两种方法在 MSI/dMMR 检测 中存在一些 局限性 ： 样本质量不 好 可能 导致 假阴性或假阳性结果，以及两种 检测 方法 可能会导致结果的 差异 。 NGS 是一种新兴的方法， 能适配更多的分子标记，可以通过分析循环肿瘤 DNA （ ctDNA ）中的突变动态监测肿瘤。 基于 NGS 的液体活检（ LB ）分析在评估肿瘤动态变化和监测治疗反应方面具有显著优势 。
本研究通过监测9名已接受 ICI治疗的MSI阳性CRC患者的血液中MSI的动态变化，探索了这些变化与ICI临床疗效之间的关联。其中，通过GenoLab M测序仪完成了肿瘤小panel（Solo-test Atlas Pro) 测序，获知了治疗前的FFPE样本和连续的液体活检样本的MSI信息。
*以下为该研究成果解读
结果概要
01 突变谱和血液MSI负荷分析
在本次分析中， 研究人员评估了5例患者的FFPE基线样本。其中， 4个样本通过NGS被确定为MSI 阳性（与IHC/PCR的一致性为80% ；与PCR的一致性为 100% ）。在9个LB的基线样本中，7例样本呈现MSI 阳性。在5个可用的肿瘤 - 血浆配对样本中， NGS检测的MSI状态在 80% 的样本中保持一致。
在血液ctDNA监测期间， 算上额外检测到3个突变 ，突变总数 达到21个，其中12个被分类为驱动突变， 9个为乘客突变。 这些突变都是CRC的经典突变， 如BRAF突变（图 1 ）。
图1 NGS分析结果
02 血液微卫星不稳定负荷与临床反应的关联
对于能在LB样本中检测到血液微卫星不稳定（bMSI）负荷的8例患者而言，bMSI负荷的中位数为1.4%（0.01-40%），而可用的FFPE样本中MSI负荷的中位数为29.3%（10-40%）。LB基线样本的bMSI和FFPE样本中检测到的MSI负荷呈正相关（Pearson’s R 0.47）。在LB中观察到的驱动突变的bMSI负荷与最大variant allele frequency (VAF)也呈正相关（Pearson’s R = 0.7）。
9例患者中，2例发生疾病进展或死亡，他们在检测时间点（病例3的W2，病例9的W4），可观察到bMSI和累积VAF的明显增加。病例1的bMSI和VAFs在W2和W4时期有所增加，在治疗的第154天（F1点）急剧下降至零值，这与临床上观察到的IHC治疗后的部分缓解（PR）一致。尽管病例7没有观察到bMSI和驱动突变的VAF减少，但患者经放射学和病理学检测后，表明ICI治疗后完全缓解（CR）。在病例5、6、8中，观察到bMSI和VAF都减少至零值，这与病理学检测到的IHC治疗后完全缓解（pCR）一致。总体而言，达到CR、PR或稳定病况（SD）的患者，在随访时bMSI负担已基本检测不到。
图2 患者连续血浆样本中驱动突变的最大VAF和bMSI负荷的动态变化
为了评估ctDNA监测的动态变化与放射反应的相关性，研究人员进行了列联表分析，选择间隔1-3个月进行的成对计算机断层扫描（CT）结果进行分析，并将CT结果的变化分为5类：“增加超过20%”、“增加不到20%”、“无变化”、“减少不到20%”、“减少超过20%”。对于每对中的第二个CT结果，选择了在-3/+4周内最接近的ctDNA进行分析。ctDNA分析的结果，同样被分为5类：“增加超过50%”、“增加不到50%”、“无变化”、“减少不到50%”、“减少超过50%”。在这里，“无变化”被定义为变化小于20%，或者对于bMSI来说，绝对变化小于0.1。费舍尔精确检验显示CT和ctDNA结果之间不存在统计学上的显著关联（图3）。
图3 将肿瘤体积的放射学变化与血液中MSI评分和VAFs的变化相关联。如果CT和ctDNA参数的动态变化一致，则在表格的相应单元格中加一分。使用了以下ctDNA参数：bMSI、所有变异的累积VAF、致癌变异的最大VAF、所有致癌变异的累积VAF。
结论
1. 本研究描述了bMSI动态变化与抗PD-1免疫疗法反应之间关系的初步数据；
2. ctDNA分析能够准确检测bMSI，这与观察到的突变的VAF高度一致；
3. 尽管与VAF分析不同，bMSI动态变化在所有病例中都与放射学评估结果一致；
4. 研究 结果为 bMSI 作为 MSI 阳性患者 ICI 疗效 预测 的 生物标志物的进一步验证提供了理论依据。
参考文献
Veselovsky E, Lebedeva A, Kuznetsova O, et al. Evaluation of blood MSI burden dynamics to trace immune checkpoint inhibitor therapy efficacy through the course of treatment[J]. Scientific Reports, 2024, 14(1): 23454.